Kelas berbasis ICT (Information Communication Technology) adalah pembelajaran dengan konsep berbasis komputer dan multimedia. Kelas ICT merupakan salah satu upaya SMP Muhammadiyah 2 Purwoketo untuk mendukung minat dan mengarahkan siswa dalam mengeksplorasi perkembangan teknologi yang begitu pesat dan di jalur yang tepat
Kelas Bilingual di SMP Muhammadiyah 2 Purwokerto adalah program kelas khusus dengan penggunaan dua bahasa (Bahasa Indonesia dan Bahasa Inggris) sebagai bahasa pengantar kegiatan pembelajaran, terutama untuk mata pelajaran Matematika dan IPA. Selain itu murid juga akan dibiasakan untuk menggunakan Bahasa Inggris sebagai bahasa komunikasi sehari-hari.
Ekstra Tahfidz menjadi salah satu kegiatan yang akan dilaksanakan di SMP Muhammadiyah 2 Purwokerto.
Kegiatan yang dilakukan dalam proses tahfidz qur'an, di antaranya: setoran, muraja'ah dan kegiatan lainnya. Dalam rangka membentuk generasi pecinta Al Qur'an, memberikan bekal untuk siswa, serta mencetak penghafal Al Qur'an.
Kelas Sains dan Riset merupakan salah satu program unggulan SMP Muhammadiyah 2 Purwokerto yang berupaya memberikan prioritas kepada peserta didik untuk mendalami IPA, Matematika, IPS, Bahasa, dan Penelitian sederhana.
Kelas Public speaking di SMP Muhammadiyah 2 Purwokerto merupakan kelas dengan kegiatan komunikasi lisan yang dilakukan secara langsung di muka umum atau di hadapan sekelompok orang. Contoh-contoh kegiatan public speaking adalah saat kita melakukan presentasi di depan kelas atau menyampaikan pidato.